PSICQUIC: psimi.xml

File psimi.xml, 34.9 KB (added by lukasz, 11 years ago)

original psimi wsdl file by Matthias

Line 
1<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
2<definitions targetNamespace="http://mips.gsf.de/hobit/services/psimi" xmlns="http://schemas.xmlsoap.org/wsdl/" xmlns:http="http://schemas.xmlsoap.org/wsdl/http/" xmlns:mime="http://schemas.xmlsoap.org/wsdl/mime/" xmlns:ns="net:sf:psidev:mi" xmlns:ns1="http://mips.gsf.de/hobit/services/psimi" xmlns:soap="http://schemas.xmlsoap.org/wsdl/soap/" xmlns:soapenc="http://schemas.xmlsoap.org/soap/encoding/" xmlns:tns="http://mips.gsf.de/hobit/services/psimi" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
3        <types>
4                <xs:schema attributeFormDefault="unqualified" elementFormDefault="qualified" targetNamespace="net:sf:psidev:mi" xmlns="net:sf:psidev:mi" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
5                        <xs:element name="entrySet">
6                                <xs:annotation>
7                                        <xs:documentation>Root element of the Molecular Interaction Format</xs:documentation>
8                                </xs:annotation>
9                                <xs:complexType>
10                                        <xs:sequence>
11                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" name="entry">
12                                                        <xs:annotation>
13                                                                <xs:documentation>Describes one or more interactions as a self-contained unit. Multiple entries from different files can be concatenated into a single entrySet.</xs:documentation>
14                                                        </xs:annotation>
15                                                        <xs:complexType>
16                                                                <xs:sequence>
17                                                                        <xs:element minOccurs="0" name="source">
18                                                                                <xs:annotation>
19                                                                                        <xs:documentation>Desciption of the source of the entry, usually an organisation</xs:documentation>
20                                                                                </xs:annotation>
21                                                                                <xs:complexType>
22                                                                                        <xs:sequence>
23                                                                                                <xs:element minOccurs="0" name="names" type="namesType">
24                                                                                                        <xs:annotation>
25                                                                                                                <xs:documentation>Name(s) of the data source, for example the organisation name.</xs:documentation>
26                                                                                                        </xs:annotation>
27                                                                                                </xs:element>
28                                                                                                <xs:element minOccurs="0" name="bibref" type="bibrefType">
29                                                                                                        <xs:annotation>
30                                                                                                                <xs:documentation>Bibliographic reference for the data source. Example: A paper which describes all interactions of the entry.</xs:documentation>
31                                                                                                        </xs:annotation>
32                                                                                                </xs:element>
33                                                                                                <xs:element minOccurs="0" name="xref" type="xrefType">
34                                                                                                        <xs:annotation>
35                                                                                                                <xs:documentation>Cross reference for the data source. Example: Entry in a database of databases. </xs:documentation>
36                                                                                                        </xs:annotation>
37                                                                                                </xs:element>
38                                                                                                <xs:element minOccurs="0" name="attributeList" type="attributeListType">
39                                                                                                        <xs:annotation>
40                                                                                                                <xs:documentation>Further description of the source.</xs:documentation>
41                                                                                                        </xs:annotation>
42                                                                                                </xs:element>
43                                                                                        </xs:sequence>
44                                                                                        <xs:attribute name="release" type="xs:string" use="optional"/>
45                                                                                        <xs:attribute name="releaseDate" type="xs:date" use="optional"/>
46                                                                                </xs:complexType>
47                                                                        </xs:element>
48                                                                        <xs:element minOccurs="0" name="availabilityList">
49                                                                                <xs:annotation>
50                                                                                        <xs:documentation>Data availability statements, for example copyrights</xs:documentation>
51                                                                                </xs:annotation>
52                                                                                <xs:complexType>
53                                                                                        <xs:sequence>
54                                                                                                <xs:element default="free" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="availability" type="availabilityType">
55                                                                                                        <xs:annotation>
56                                                                                                                <xs:documentation>Describes data availability, e.g. through a copyright statement. If no availability is given, the data is assumed to be freely available.</xs:documentation>
57                                                                                                        </xs:annotation>
58                                                                                                </xs:element>
59                                                                                        </xs:sequence>
60                                                                                </xs:complexType>
61                                                                        </xs:element>
62                                                                        <xs:element minOccurs="0" name="experimentList">
63                                                                                <xs:annotation>
64                                                                                        <xs:documentation>All experiments in which the interactions of this entry have been determined</xs:documentation>
65                                                                                </xs:annotation>
66                                                                                <xs:complexType>
67                                                                                        <xs:sequence>
68                                                                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="experimentDescription" type="experimentType">
69                                                                                                        <xs:annotation>
70                                                                                                                <xs:documentation>Describes one set of experimental parameters, usually associated with a single publication.</xs:documentation>
71                                                                                                        </xs:annotation>
72                                                                                                </xs:element>
73                                                                                        </xs:sequence>
74                                                                                </xs:complexType>
75                                                                        </xs:element>
76                                                                        <xs:element minOccurs="0" name="interactorList">
77                                                                                <xs:annotation>
78                                                                                        <xs:documentation>List of all interactors occurring in the entry</xs:documentation>
79                                                                                </xs:annotation>
80                                                                                <xs:complexType>
81                                                                                        <xs:sequence>
82                                                                                                <xs:annotation>
83                                                                                                        <xs:documentation>Will be extended in future levels to include other interactor types e.g. small molecules.</xs:documentation>
84                                                                                                </xs:annotation>
85                                                                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="proteinInteractor" type="proteinInteractorType">
86                                                                                                        <xs:annotation>
87                                                                                                                <xs:documentation>A protein object participating in an interaction.</xs:documentation>
88                                                                                                        </xs:annotation>
89                                                                                                </xs:element>
90                                                                                        </xs:sequence>
91                                                                                </xs:complexType>
92                                                                        </xs:element>
93                                                                        <xs:element name="interactionList">
94                                                                                <xs:annotation>
95                                                                                        <xs:documentation>List of interactions</xs:documentation>
96                                                                                </xs:annotation>
97                                                                                <xs:complexType>
98                                                                                        <xs:sequence>
99                                                                                                <xs:annotation>
100                                                                                                        <xs:documentation>Will be extended in future levels to include other interaction types e.g. biochemical reactions.</xs:documentation>
101                                                                                                </xs:annotation>
102                                                                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" name="interaction" type="interactionElementType">
103                                                                                                        <xs:annotation>
104                                                                                                                <xs:documentation>A set of molecules interacting.</xs:documentation>
105                                                                                                        </xs:annotation>
106                                                                                                </xs:element>
107                                                                                        </xs:sequence>
108                                                                                </xs:complexType>
109                                                                        </xs:element>
110                                                                        <xs:element minOccurs="0" name="attributeList" type="attributeListType">
111                                                                                <xs:annotation>
112                                                                                        <xs:documentation>Semi-structured additional description of the data contained in the entry.</xs:documentation>
113                                                                                </xs:annotation>
114                                                                        </xs:element>
115                                                                </xs:sequence>
116                                                        </xs:complexType>
117                                                        <xs:key name="experimentKey">
118                                                                <xs:selector xpath="experimentList/experimentDescription"/>
119                                                                <xs:field xpath="@id"/>
120                                                        </xs:key>
121                                                        <xs:keyref name="experimentRef" refer="experimentKey">
122                                                                <xs:selector xpath="interactionList/interaction/experimentsList/experimentRef"/>
123                                                                <xs:field xpath="@ref"/>
124                                                        </xs:keyref>
125                                                        <xs:key name="interactorKey">
126                                                                <xs:selector xpath="interactorList/proteinInteractor"/>
127                                                                <xs:field xpath="@id"/>
128                                                        </xs:key>
129                                                        <xs:keyref name="interactorRef" refer="interactorKey">
130                                                                <xs:selector xpath="interactionList/interaction/participantList/proteinParticipant/proteinInteractorRef"/>
131                                                                <xs:field xpath="@ref"/>
132                                                        </xs:keyref>
133                                                        <xs:key name="availabilityKey">
134                                                                <xs:selector xpath="availabilityList/availabilityDescription"/>
135                                                                <xs:field xpath="@id"/>
136                                                        </xs:key>
137                                                        <xs:keyref name="availabilityRef" refer="availabilityKey">
138                                                                <xs:selector xpath="availabilityList/availability"/>
139                                                                <xs:field xpath="@ref"/>
140                                                        </xs:keyref>
141                                                </xs:element>
142                                        </xs:sequence>
143                                        <xs:attribute name="level" type="xs:integer" use="required"/>
144                                        <xs:attribute name="version" type="xs:integer" use="required"/>
145                                </xs:complexType>
146                        </xs:element>
147                        <xs:complexType name="dbReferenceType">
148                                <xs:annotation>
149                                        <xs:documentation>Refers to a unique object in an external database.</xs:documentation>
150                                </xs:annotation>
151                                <xs:attribute name="db" type="xs:string" use="required"/>
152                                <xs:attribute name="id" type="xs:string" use="required"/>
153                                <xs:attribute name="secondary" type="xs:string" use="optional"/>
154                                <xs:attribute name="version" type="xs:string" use="optional"/>
155                        </xs:complexType>
156                        <xs:complexType name="labelType">
157                                <xs:annotation>
158                                        <xs:documentation>A short alphanumeric label identifying an object. Not necessarily unique.</xs:documentation>
159                                </xs:annotation>
160                                <xs:simpleContent>
161                                        <xs:extension base="xs:string"/>
162                                </xs:simpleContent>
163                        </xs:complexType>
164                        <xs:complexType name="fullNameType">
165                                <xs:annotation>
166                                        <xs:documentation>Full, descriptive object name.</xs:documentation>
167                                </xs:annotation>
168                                <xs:simpleContent>
169                                        <xs:extension base="xs:string"/>
170                                </xs:simpleContent>
171                        </xs:complexType>
172                        <xs:complexType name="bioSourceType">
173                                <xs:annotation>
174                                        <xs:documentation>Describes the biological source of an object, in simple form only the NCBI taxid.</xs:documentation>
175                                </xs:annotation>
176                                <xs:sequence>
177                                        <xs:element minOccurs="0" name="names" type="namesType">
178                                                <xs:annotation>
179                                                        <xs:documentation>The names of the organism.  The short label should be a common name if it exists.  The full name should be the full name of the species (i.e. genus species).</xs:documentation>
180                                                </xs:annotation>
181                                        </xs:element>
182                                        <xs:element minOccurs="0" name="cellType" type="openCvType">
183                                                <xs:annotation>
184                                                        <xs:documentation>Description of the cell type. Currently no species-independent controlled vocabulary for cell types is available, therefore the choice of reference database(s) is open to the data provider.</xs:documentation>
185                                                </xs:annotation>
186                                        </xs:element>
187                                        <xs:element minOccurs="0" name="compartment" type="openCvType">
188                                                <xs:annotation>
189                                                        <xs:documentation>The subcellular compartement of the object. It is strongly recommended to refer to the Gene Ontology cellular component in this element.</xs:documentation>
190                                                </xs:annotation>
191                                        </xs:element>
192                                        <xs:element minOccurs="0" name="tissue" type="openCvType">
193                                                <xs:annotation>
194                                                        <xs:documentation>Description of the source tissue. Currently no species-independent controlled vocabulary for tissues is available, therefore the choice of reference database(s) is open to the data provider.</xs:documentation>
195                                                </xs:annotation>
196                                        </xs:element>
197                                </xs:sequence>
198                        </xs:complexType>
199                        <xs:complexType name="featureType">
200                                <xs:annotation>
201                                        <xs:documentation>A feature, e.g. domain, on a sequence.</xs:documentation>
202                                </xs:annotation>
203                                <xs:sequence>
204                                        <xs:element minOccurs="0" name="xref" type="xrefType">
205                                                <xs:annotation>
206                                                        <xs:documentation>Reference to an external feature description, for example InterPro entry.</xs:documentation>
207                                                </xs:annotation>
208                                        </xs:element>
209                                        <xs:element minOccurs="0" name="featureDescription" type="cvType">
210                                                <xs:annotation>
211                                                        <xs:documentation>Description and classification of the feature</xs:documentation>
212                                                </xs:annotation>
213                                        </xs:element>
214                                        <xs:element name="location" type="baseLocationType">
215                                                <xs:annotation>
216                                                        <xs:documentation>Location of the feature on the sequence of the interactor</xs:documentation>
217                                                </xs:annotation>
218                                        </xs:element>
219                                        <xs:element minOccurs="0" name="featureDetection" type="cvType">
220                                                <xs:annotation>
221                                                        <xs:documentation>Experimental method used to identify the feature.</xs:documentation>
222                                                </xs:annotation>
223                                        </xs:element>
224                                </xs:sequence>
225                        </xs:complexType>
226                        <xs:complexType name="xrefType">
227                                <xs:annotation>
228                                        <xs:documentation>Crossreference to an external database.</xs:documentation>
229                                </xs:annotation>
230                                <xs:sequence>
231                                        <xs:element name="primaryRef" type="dbReferenceType">
232                                                <xs:annotation>
233                                                        <xs:documentation>Primary reference to an external database.</xs:documentation>
234                                                </xs:annotation>
235                                        </xs:element>
236                                        <xs:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="secondaryRef" type="dbReferenceType">
237                                                <xs:annotation>
238                                                        <xs:documentation>Further external objects describing the object.</xs:documentation>
239                                                </xs:annotation>
240                                        </xs:element>
241                                </xs:sequence>
242                        </xs:complexType>
243                        <!--  Feature location definition begins  -->
244                        <xs:complexType name="positionType">
245                                <xs:annotation>
246                                        <xs:documentation>A specified position a a sequence.</xs:documentation>
247                                </xs:annotation>
248                                <xs:attribute name="position" type="xs:long" use="required"/>
249                        </xs:complexType>
250                        <xs:complexType name="intervalType">
251                                <xs:annotation>
252                                        <xs:documentation>A interval on a sequence.</xs:documentation>
253                                </xs:annotation>
254                                <xs:attribute name="begin" type="xs:long" use="required"/>
255                                <xs:attribute name="end" type="xs:long" use="required"/>
256                        </xs:complexType>
257                        <xs:complexType name="baseLocationType">
258                                <xs:annotation>
259                                        <xs:documentation>A location can be either a position, site or have a start and end, only start, only end or is an empty element if the position is unknown.</xs:documentation>
260                                </xs:annotation>
261                                <xs:choice>
262                                        <xs:sequence>
263                                                <xs:choice minOccurs="0">
264                                                        <xs:element name="begin" type="positionType"/>
265                                                        <xs:element name="beginInterval" type="intervalType"/>
266                                                </xs:choice>
267                                                <xs:choice minOccurs="0">
268                                                        <xs:element name="end" type="positionType"/>
269                                                        <xs:element name="endInterval" type="intervalType"/>
270                                                </xs:choice>
271                                        </xs:sequence>
272                                        <xs:element name="position" type="positionType"/>
273                                        <xs:element name="positionInterval" type="intervalType"/>
274                                        <xs:element name="site" type="positionType"/>
275                                </xs:choice>
276                        </xs:complexType>
277                        <!--  Feature location definition ends  -->
278                        <xs:complexType name="experimentType">
279                                <xs:annotation>
280                                        <xs:documentation>Describes one set of experimental parameters.</xs:documentation>
281                                </xs:annotation>
282                                <xs:sequence>
283                                        <xs:element minOccurs="0" name="names" type="namesType"/>
284                                        <xs:element minOccurs="0" name="bibref" type="bibrefType">
285                                                <xs:annotation>
286                                                        <xs:documentation>Publication describing the experiment.</xs:documentation>
287                                                </xs:annotation>
288                                        </xs:element>
289                                        <xs:element minOccurs="0" name="xref" type="xrefType">
290                                                <xs:annotation>
291                                                        <xs:documentation>Refers to external database description of the experiment.</xs:documentation>
292                                                </xs:annotation>
293                                        </xs:element>
294                                        <xs:element minOccurs="0" name="hostOrganism">
295                                                <xs:annotation>
296                                                        <xs:documentation>The host organism in which the experiment has been performed.</xs:documentation>
297                                                </xs:annotation>
298                                                <xs:complexType>
299                                                        <xs:complexContent>
300                                                                <xs:extension base="bioSourceType">
301                                                                        <xs:attribute name="ncbiTaxId" type="xs:integer" use="required"/>
302                                                                </xs:extension>
303                                                        </xs:complexContent>
304                                                </xs:complexType>
305                                        </xs:element>
306                                        <xs:element name="interactionDetection" type="cvType">
307                                                <xs:annotation>
308                                                        <xs:documentation>Experimental method to determine the interaction. External controlled vocabulary.</xs:documentation>
309                                                </xs:annotation>
310                                        </xs:element>
311                                        <xs:element minOccurs="0" name="participantDetection" type="cvType">
312                                                <xs:annotation>
313                                                        <xs:documentation>Experimental method to determine the interactors involved in the interaction. External controlled vocabulary.</xs:documentation>
314                                                </xs:annotation>
315                                        </xs:element>
316                                        <xs:element minOccurs="0" name="featureDetection" type="cvType">
317                                                <xs:annotation>
318                                                        <xs:documentation>Experimental method to determine the features of interactors. External controlled vocabulary.</xs:documentation>
319                                                </xs:annotation>
320                                        </xs:element>
321                                        <xs:element minOccurs="0" name="confidence">
322                                                <xs:annotation>
323                                                        <xs:documentation>Confidence in this experiment.  Usually a statistical measure.</xs:documentation>
324                                                </xs:annotation>
325                                                <xs:complexType>
326                                                        <xs:attribute name="unit" type="xs:string" use="required"/>
327                                                        <xs:attribute name="value" type="xs:string" use="required"/>
328                                                </xs:complexType>
329                                        </xs:element>
330                                        <xs:element minOccurs="0" name="attributeList" type="attributeListType">
331                                                <xs:annotation>
332                                                        <xs:documentation>Semi-structured additional description of the experiment.</xs:documentation>
333                                                </xs:annotation>
334                                        </xs:element>
335                                </xs:sequence>
336                                <xs:attribute name="id" type="xs:int" use="optional"/>
337                        </xs:complexType>
338                        <xs:complexType name="refType">
339                                <xs:annotation>
340                                        <xs:documentation>Refers to an object within the same file by its id.</xs:documentation>
341                                </xs:annotation>
342                                <xs:attribute name="ref" type="xs:string" use="required"/>
343                        </xs:complexType>
344                        <xs:complexType name="attributeListType">
345                                <xs:annotation>
346                                        <xs:documentation>A list of additional attributes. Open tag-value list to allow the inclusion of additional data.</xs:documentation>
347                                </xs:annotation>
348                                <xs:sequence>
349                                        <xs:element maxOccurs="unbounded" name="attribute">
350                                                <xs:complexType>
351                                                        <xs:simpleContent>
352                                                                <xs:extension base="xs:string">
353                                                                        <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
354                                                                </xs:extension>
355                                                        </xs:simpleContent>
356                                                </xs:complexType>
357                                        </xs:element>
358                                </xs:sequence>
359                        </xs:complexType>
360                        <xs:complexType name="bibrefType">
361                                <xs:annotation>
362                                        <xs:documentation>Bibliographic reference.</xs:documentation>
363                                </xs:annotation>
364                                <xs:choice>
365                                        <xs:element name="xref" type="xrefType">
366                                                <xs:annotation>
367                                                        <xs:documentation>Bibliographic reference in external database, usually PubMed.</xs:documentation>
368                                                </xs:annotation>
369                                        </xs:element>
370                                        <xs:element name="attributeList" type="attributeListType">
371                                                <xs:annotation>
372                                                        <xs:documentation>Alternative description of bibliographic reference if no external database entry is available.</xs:documentation>
373                                                </xs:annotation>
374                                        </xs:element>
375                                </xs:choice>
376                        </xs:complexType>
377                        <xs:complexType name="namesType">
378                                <xs:annotation>
379                                        <xs:documentation>Names for an object.</xs:documentation>
380                                </xs:annotation>
381                                <xs:sequence>
382                                        <xs:element name="shortLabel" type="xs:string"/>
383                                        <xs:element minOccurs="0" name="fullName" type="xs:string"/>
384                                </xs:sequence>
385                        </xs:complexType>
386                        <xs:complexType name="cvType">
387                                <xs:annotation>
388                                        <xs:documentation>Reference to an external controlled vocabulary.</xs:documentation>
389                                </xs:annotation>
390                                <xs:sequence>
391                                        <xs:element name="names" type="namesType">
392                                                <xs:annotation>
393                                                        <xs:documentation>Name of the controlled vocabulary term.</xs:documentation>
394                                                </xs:annotation>
395                                        </xs:element>
396                                        <xs:element name="xref" type="xrefType">
397                                                <xs:annotation>
398                                                        <xs:documentation>Source of the controlled vocabulary term.  E.g. the name of the CV and the term ID.</xs:documentation>
399                                                </xs:annotation>
400                                        </xs:element>
401                                </xs:sequence>
402                        </xs:complexType>
403                        <xs:complexType name="openCvType">
404                                <xs:annotation>
405                                        <xs:documentation>Allows to reference an external controlled vocabulary, or to directly include a value if no suitable external definition is available.</xs:documentation>
406                                </xs:annotation>
407                                <xs:sequence>
408                                        <xs:element name="names" type="namesType">
409                                                <xs:annotation>
410                                                        <xs:documentation>This contains the controlled vocabulary terms, as a short and optionally as a long form.</xs:documentation>
411                                                </xs:annotation>
412                                        </xs:element>
413                                        <xs:element minOccurs="0" name="xref" type="xrefType">
414                                                <xs:annotation>
415                                                        <xs:documentation>Refers to the term of the controlled vocabulary in an external database.</xs:documentation>
416                                                </xs:annotation>
417                                        </xs:element>
418                                        <xs:element minOccurs="0" name="attributeList" type="attributeListType">
419                                                <xs:annotation>
420                                                        <xs:documentation>If no suitable external controlled vocabulary is available, this attributeList can be used to describe the term. Example: Attribute name: Mouse atlas tissue name; attribute value: spinal cord, day 30.</xs:documentation>
421                                                </xs:annotation>
422                                        </xs:element>
423                                </xs:sequence>
424                        </xs:complexType>
425                        <xs:complexType name="proteinInteractorType">
426                                <xs:annotation>
427                                        <xs:documentation>Describes a protein interactor.</xs:documentation>
428                                </xs:annotation>
429                                <xs:sequence>
430                                        <xs:element name="names" type="namesType">
431                                                <xs:annotation>
432                                                        <xs:documentation>Protein name(s).  The short label is typically a short name that could appear as a label on a diagram.</xs:documentation>
433                                                </xs:annotation>
434                                        </xs:element>
435                                        <xs:element minOccurs="0" name="xref" type="xrefType">
436                                                <xs:annotation>
437                                                        <xs:documentation>An interactor should have an xref whenever possible. If the interactor is not available in external databases, it must be characterised within this proteinInteractor object e.g. by its sequence.</xs:documentation>
438                                                </xs:annotation>
439                                        </xs:element>
440                                        <xs:element minOccurs="0" name="organism">
441                                                <xs:annotation>
442                                                        <xs:documentation>The normal source organism of the interactor. If a human protein has been expressed in yeast, this attribute would describe human.</xs:documentation>
443                                                </xs:annotation>
444                                                <xs:complexType>
445                                                        <xs:complexContent>
446                                                                <xs:extension base="bioSourceType">
447                                                                        <xs:attribute name="ncbiTaxId" type="xs:integer" use="required"/>
448                                                                </xs:extension>
449                                                        </xs:complexContent>
450                                                </xs:complexType>
451                                        </xs:element>
452                                        <xs:element minOccurs="0" name="sequence" type="xs:string">
453                                                <xs:annotation>
454                                                        <xs:documentation>Amino acid sequence in uppercase</xs:documentation>
455                                                </xs:annotation>
456                                        </xs:element>
457                                </xs:sequence>
458                                <xs:attribute name="id" type="xs:int" use="optional"/>
459                        </xs:complexType>
460                        <xs:complexType name="availabilityType">
461                                <xs:annotation>
462                                        <xs:documentation>A text describing the availability of data, e.g. a copyright statement.</xs:documentation>
463                                </xs:annotation>
464                                <xs:simpleContent>
465                                        <xs:extension base="xs:string">
466                                                <xs:attribute name="id" type="xs:int" use="optional"/>
467                                        </xs:extension>
468                                </xs:simpleContent>
469                        </xs:complexType>
470                        <xs:complexType name="interactionElementType">
471                                <xs:annotation>
472                                        <xs:documentation>A molecular interaction.</xs:documentation>
473                                </xs:annotation>
474                                <xs:sequence>
475                                        <xs:element minOccurs="0" name="names" type="namesType">
476                                                <xs:annotation>
477                                                        <xs:documentation>Name(s) of the interaction.</xs:documentation>
478                                                </xs:annotation>
479                                        </xs:element>
480                                        <xs:choice minOccurs="0">
481                                                <xs:annotation>
482                                                        <xs:documentation>Either refer to an already defined availability statement in this entry or insert description.</xs:documentation>
483                                                </xs:annotation>
484                                                <xs:element name="availabilityRef" type="refType">
485                                                        <xs:annotation>
486                                                                <xs:documentation>References an availability statement already present in this entry.</xs:documentation>
487                                                        </xs:annotation>
488                                                </xs:element>
489                                                <xs:element name="availabilityDescription" type="availabilityType">
490                                                        <xs:annotation>
491                                                                <xs:documentation>Describes the availability of the interaction data. If no availability is given, the data is assumed to be freely available.</xs:documentation>
492                                                        </xs:annotation>
493                                                </xs:element>
494                                        </xs:choice>
495                                        <xs:element name="experimentList">
496                                                <xs:annotation>
497                                                        <xs:documentation>List of experiments in which this interaction has been determined.</xs:documentation>
498                                                </xs:annotation>
499                                                <xs:complexType>
500                                                        <xs:choice maxOccurs="unbounded">
501                                                                <xs:annotation>
502                                                                        <xs:documentation>Either refer to an already defined experiment in this entry or insert description.</xs:documentation>
503                                                                </xs:annotation>
504                                                                <xs:element name="experimentRef" type="refType">
505                                                                        <xs:annotation>
506                                                                                <xs:documentation>References an experiment already present in this entry.</xs:documentation>
507                                                                        </xs:annotation>
508                                                                </xs:element>
509                                                                <xs:element name="experimentDescription" type="experimentType">
510                                                                        <xs:annotation>
511                                                                                <xs:documentation>An experiment in which this interaction has been determined.</xs:documentation>
512                                                                        </xs:annotation>
513                                                                </xs:element>
514                                                        </xs:choice>
515                                                </xs:complexType>
516                                        </xs:element>
517                                        <xs:element name="participantList">
518                                                <xs:annotation>
519                                                        <xs:documentation>A list of molecules participating in this interaction.</xs:documentation>
520                                                </xs:annotation>
521                                                <xs:complexType>
522                                                        <xs:sequence>
523                                                                <xs:annotation>
524                                                                        <xs:documentation>Will be extended in future levels to include other types of participant molecules.</xs:documentation>
525                                                                </xs:annotation>
526                                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="2" name="proteinParticipant" type="proteinParticipantType">
527                                                                        <xs:annotation>
528                                                                                <xs:documentation>An interaction has two or more participants, thereby covering binary and n-ary interactions.</xs:documentation>
529                                                                        </xs:annotation>
530                                                                </xs:element>
531                                                        </xs:sequence>
532                                                </xs:complexType>
533                                        </xs:element>
534                                        <xs:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="interactionType" type="cvType">
535                                                <xs:annotation>
536                                                        <xs:documentation>External controlled vocabulary characterising the interaction type, for example "aggregation".</xs:documentation>
537                                                </xs:annotation>
538                                        </xs:element>
539                                        <xs:element minOccurs="0" name="confidence">
540                                                <xs:annotation>
541                                                        <xs:documentation>Confidence in this interaction.  Usually a statistical measure.</xs:documentation>
542                                                </xs:annotation>
543                                                <xs:complexType>
544                                                        <xs:attribute name="unit" type="xs:string" use="required"/>
545                                                        <xs:attribute name="value" type="xs:string" use="required"/>
546                                                </xs:complexType>
547                                        </xs:element>
548                                        <xs:element minOccurs="0" name="xref" type="xrefType">
549                                                <xs:annotation>
550                                                        <xs:documentation>Interaction database ID</xs:documentation>
551                                                </xs:annotation>
552                                        </xs:element>
553                                        <xs:element minOccurs="0" name="attributeList" type="attributeListType">
554                                                <xs:annotation>
555                                                        <xs:documentation>Semi-structured additional description of the data contained in the entry.</xs:documentation>
556                                                </xs:annotation>
557                                        </xs:element>
558                                </xs:sequence>
559                        </xs:complexType>
560                        <xs:complexType name="proteinParticipantType">
561                                <xs:annotation>
562                                        <xs:documentation>A protein participating in an interaction.</xs:documentation>
563                                </xs:annotation>
564                                <xs:sequence>
565                                        <xs:choice>
566                                                <xs:annotation>
567                                                        <xs:documentation>Either refer to an already defined protein interactor in this entry or insert description.</xs:documentation>
568                                                </xs:annotation>
569                                                <xs:element name="proteinInteractorRef" type="refType">
570                                                        <xs:annotation>
571                                                                <xs:documentation>References an interactor described in the interactorList of the entry</xs:documentation>
572                                                        </xs:annotation>
573                                                </xs:element>
574                                                <xs:element name="proteinInteractor" type="proteinInteractorType">
575                                                        <xs:annotation>
576                                                                <xs:documentation>Fully describes an interactor</xs:documentation>
577                                                        </xs:annotation>
578                                                </xs:element>
579                                        </xs:choice>
580                                        <xs:element minOccurs="0" name="featureList">
581                                                <xs:annotation>
582                                                        <xs:documentation>Sequence features relevant for the interaction, for example binding domains</xs:documentation>
583                                                </xs:annotation>
584                                                <xs:complexType>
585                                                        <xs:sequence>
586                                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" name="feature" type="featureType"/>
587                                                        </xs:sequence>
588                                                </xs:complexType>
589                                        </xs:element>
590                                        <xs:element minOccurs="0" name="confidence">
591                                                <xs:annotation>
592                                                        <xs:documentation>Confidence in participant detection.</xs:documentation>
593                                                </xs:annotation>
594                                                <xs:complexType>
595                                                        <xs:attribute name="unit" type="xs:string" use="required"/>
596                                                        <xs:attribute name="value" type="xs:string" use="required"/>
597                                                </xs:complexType>
598                                        </xs:element>
599                                        <xs:element minOccurs="0" name="role">
600                                                <xs:annotation>
601                                                        <xs:documentation>The role of the participant in the interaction, e.g. "bait".  Choose an enumerated value.</xs:documentation>
602                                                </xs:annotation>
603                                                <xs:simpleType>
604                                                        <xs:restriction base="xs:string">
605                                                                <xs:enumeration value="bait"/>
606                                                                <xs:enumeration value="prey"/>
607                                                                <xs:enumeration value="neutral"/>
608                                                                <xs:enumeration value="unspecified"/>
609                                                        </xs:restriction>
610                                                </xs:simpleType>
611                                        </xs:element>
612                                        <xs:element minOccurs="0" name="isTaggedProtein" type="xs:boolean">
613                                                <xs:annotation>
614                                                        <xs:documentation>True if the protein has been tagged in the experiment.</xs:documentation>
615                                                </xs:annotation>
616                                        </xs:element>
617                                        <xs:element minOccurs="0" name="isOverexpressedProtein" type="xs:boolean">
618                                                <xs:annotation>
619                                                        <xs:documentation>True if the protein has been overexpressed in the experiment.</xs:documentation>
620                                                </xs:annotation>
621                                        </xs:element>
622                                </xs:sequence>
623                        </xs:complexType>
624                </xs:schema>
625                <xs:schema attributeFormDefault="unqualified" elementFormDefault="qualified" targetNamespace="http://mips.gsf.de/hobit/services/psimi" xmlns:ns1="http://mips.gsf.de/hobit/services/psimi" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
626                        <xs:element name="getForInteractor">
627                                <xs:annotation>
628                                        <xs:documentation>Interactions for interactors with id</xs:documentation>
629                                </xs:annotation>
630                                <xs:complexType>
631                                        <xs:sequence>
632                                                <xs:element name="id" type="xs:string"/>
633                                        </xs:sequence>
634                                </xs:complexType>
635                        </xs:element>
636                        <xs:element name="getForInteractorLike">
637                                <xs:annotation>
638                                        <xs:documentation>Interactions for interactors like id</xs:documentation>
639                                </xs:annotation>
640                                <xs:complexType>
641                                        <xs:sequence>
642                                                <xs:element name="id" type="xs:string"/>
643                                        </xs:sequence>
644                                </xs:complexType>
645                        </xs:element>
646                        <xs:element name="getBetweenInteractors">
647                                <xs:annotation>
648                                        <xs:documentation>Interactions between two interactors</xs:documentation>
649                                </xs:annotation>
650                                <xs:complexType>
651                                        <xs:sequence>
652                                                <xs:element maxOccurs="2" name="id" type="xs:string"/>
653                                        </xs:sequence>
654                                </xs:complexType>
655                        </xs:element>
656                        <xs:element name="getForInteractorlist">
657                                <xs:annotation>
658                                        <xs:documentation>Interactions for a list of interactors</xs:documentation>
659                                </xs:annotation>
660                                <xs:complexType>
661                                        <xs:sequence>
662                                                <xs:element maxOccurs="unbounded" name="id" type="xs:string"/>
663                                        </xs:sequence>
664                                </xs:complexType>
665                        </xs:element>
666                        <xs:element name="getBetweenInteractorlists">
667                                <xs:annotation>
668                                        <xs:documentation>Interactions between two interactor lists</xs:documentation>
669                                </xs:annotation>
670                                <xs:complexType>
671                                        <xs:sequence>
672                                                <xs:element maxOccurs="2" name="list">
673                                                        <xs:complexType>
674                                                                <xs:sequence>
675                                                                        <xs:element maxOccurs="unbounded" name="id" type="xs:string"/>
676                                                                </xs:sequence>
677                                                        </xs:complexType>
678                                                </xs:element>
679                                        </xs:sequence>
680                                </xs:complexType>
681                        </xs:element>
682                        <xs:element name="getForInteractionDetectionMethod">
683                                <xs:annotation>
684                                        <xs:documentation>Interactions for a specific method</xs:documentation>
685                                </xs:annotation>
686                                <xs:complexType>
687                                        <xs:sequence>
688                                                <xs:element name="method" type="xs:string"/>
689                                        </xs:sequence>
690                                </xs:complexType>
691                        </xs:element>
692                        <xs:element name="getForOrganism">
693                                <xs:annotation>
694                                        <xs:documentation>Interactions for a specific organism</xs:documentation>
695                                </xs:annotation>
696                                <xs:complexType>
697                                        <xs:sequence>
698                                                <xs:element name="id" type="xs:int"/>
699                                        </xs:sequence>
700                                </xs:complexType>
701                        </xs:element>
702                        <xs:element name="ServiceFailedException">
703                                <xs:annotation>
704                                        <xs:documentation>Exception if something goes wrong</xs:documentation>
705                                </xs:annotation>
706                                <xs:complexType>
707                                        <xs:sequence>
708                                                <xs:element name="messageType" type="xs:string"/>
709                                                <xs:element name="message" type="xs:string"/>
710                                        </xs:sequence>
711                                </xs:complexType>
712                        </xs:element>
713                </xs:schema>
714        </types>
715        <message name="getForInteractiorReq">
716                <part element="ns1:getForInteractor" name="request"/>
717        </message>
718        <message name="getForInteractiorRes">
719                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
720        </message>
721        <message name="getForInteractorLikeReq">
722                <part element="ns1:getForInteractorLike" name="request"/>
723        </message>
724        <message name="getForInteractorLikeRes">
725                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
726        </message>
727        <message name="getBetweenInteractorsReq">
728                <part element="ns1:getBetweenInteractors" name="request"/>
729        </message>
730        <message name="getBetweenInteractorsRes">
731                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
732        </message>
733        <message name="getForInteractorlistReq">
734                <part element="ns1:getForInteractorlist" name="request1"/>
735        </message>
736        <message name="getForInteractorlistRes">
737                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
738        </message>
739        <message name="getBetweenInteractorlistsReq">
740                <part element="ns1:getBetweenInteractorlists" name="request"/>
741        </message>
742        <message name="getBetweenInteractorlistsRes">
743                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
744        </message>
745        <message name="getForInteractionDetectionMethodReq">
746                <part element="ns1:getForInteractionDetectionMethod" name="request"/>
747        </message>
748        <message name="getForInteractionDetectionMethodRes">
749                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
750        </message>
751        <message name="getForOrganismReq">
752                <part element="ns1:getForOrganism" name="request"/>
753        </message>
754        <message name="getForOrganismRes">
755                <part element="ns:entrySet" name="response"/>
756        </message>
757        <portType name="PsimiSOAPPortType">
758                <operation name="getForInteractor">
759                        <input message="tns:getForInteractiorReq"/>
760                        <output message="tns:getForInteractiorRes" name="getInteractionRes"/>
761                </operation>
762                <operation name="getForInteractorLike">
763                        <input message="tns:getForInteractorLikeReq"/>
764                        <output message="tns:getForInteractorLikeRes"/>
765                </operation>
766                <operation name="getBetweenInteractors">
767                        <input message="tns:getBetweenInteractorsReq"/>
768                        <output message="tns:getBetweenInteractorsRes"/>
769                </operation>
770                <operation name="getForInteractorlist">
771                        <input message="tns:getForInteractorlistReq"/>
772                        <output message="tns:getForInteractorlistRes"/>
773                </operation>
774                <operation name="getForInteractionDetectionMethod">
775                        <input message="tns:getForInteractionDetectionMethodReq"/>
776                        <output message="tns:getForInteractionDetectionMethodRes"/>
777                </operation>
778                <operation name="getForOrganism">
779                        <input message="tns:getForOrganismReq"/>
780                        <output message="tns:getForOrganismRes"/>
781                </operation>
782        </portType>
783        <binding name="PsimiSOAPBinding" type="tns:PsimiSOAPPortType">
784                <soap:binding style="document" transport="http://schemas.xmlsoap.org/soap/http"/>
785                <operation name="getForInteractor">
786                        <input>
787                                <soap:body use="literal"/>
788                        </input>
789                        <output>
790                                <soap:body use="literal"/>
791                        </output>
792                </operation>
793                <operation name="getForInteractorLike">
794                        <input>
795                                <soap:body use="literal"/>
796                        </input>
797                        <output>
798                                <soap:body use="literal"/>
799                        </output>
800                </operation>
801                <operation name="getBetweenInteractors">
802                        <input>
803                                <soap:body use="literal"/>
804                        </input>
805                        <output>
806                                <soap:body use="literal"/>
807                        </output>
808                </operation>
809                <operation name="getForInteractorlist">
810                        <input>
811                                <soap:body use="literal"/>
812                        </input>
813                        <output>
814                                <soap:body use="literal"/>
815                        </output>
816                </operation>
817                <operation name="getForInteractionDetectionMethod">
818                        <input>
819                                <soap:body use="literal"/>
820                        </input>
821                        <output>
822                                <soap:body use="literal"/>
823                        </output>
824                </operation>
825                <operation name="getForOrganism">
826                        <input>
827                                <soap:body use="literal"/>
828                        </input>
829                        <output>
830                                <soap:body use="literal"/>
831                        </output>
832                </operation>
833        </binding>
834        <service name="serviceName">
835                <port binding="tns:PsimiSOAPBinding" name="PsimiService">
836                        <soap:address location="http://mips.gsf.de/proj/hobitws/services/PsimiService"/>
837                </port>
838        </service>
839</definitions>