BioJavaDomainModel: org.biojavax.class.violet

File org.biojavax.class.violet, 14.9 KB (added by r.bruskiewich, 17 years ago)

org.biojavax Violet UML file

Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<java version="1.6.0_04" class="java.beans.XMLDecoder"> 
3 <object class="com.horstmann.violet.ClassDiagramGraph">
4  <void method="addNode">
5   <object class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
6    <void property="bounds">
7     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
8      <void method="setRect">
9       <double>140.0</double>
10       <double>600.0</double>
11       <double>180.0</double>
12       <double>100.0</double>
13      </void>
14     </object>
15    </void>
16    <void property="methods">
17     <void property="text">
18      <string>getComment():java.lang.String
19getRank():int
20setRank(int rank)</string>
21     </void>
22    </void>
23    <void property="name">
24     <void property="text">
25      <string>«interface»
26Comment</string>
27     </void>
28    </void>
29   </object>
30   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
31    <void method="setLocation">
32     <double>140.0</double>
33     <double>600.0</double>
34    </void>
35   </object>
36  </void>
37  <void method="addNode">
38   <object id="InterfaceNode0" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
39    <void property="bounds">
40     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
41      <void method="setRect">
42       <double>60.0</double>
43       <double>260.0</double>
44       <double>100.0</double>
45       <double>60.0</double>
46      </void>
47     </object>
48    </void>
49    <void property="name">
50     <void property="text">
51      <string>«interface»
52Annotation</string>
53     </void>
54    </void>
55   </object>
56   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
57    <void method="setLocation">
58     <double>60.0</double>
59     <double>260.0</double>
60    </void>
61   </object>
62  </void>
63  <void method="addNode">
64   <object id="InterfaceNode1" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
65    <void property="bounds">
66     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
67      <void method="setRect">
68       <double>20.0</double>
69       <double>30.0</double>
70       <double>180.0</double>
71       <double>120.0</double>
72      </void>
73     </object>
74    </void>
75    <void property="methods">
76     <void property="text">
77      <string>getValue():java.lang.String
78setValue(java.lang.String value)
79getRank():int
80setRank(int rank)</string>
81     </void>
82    </void>
83    <void property="name">
84     <void property="text">
85      <string>«interface»
86Note</string>
87     </void>
88    </void>
89   </object>
90   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
91    <void method="setLocation">
92     <double>20.0</double>
93     <double>30.0</double>
94    </void>
95   </object>
96  </void>
97  <void method="addNode">
98   <object id="InterfaceNode2" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
99    <void property="bounds">
100     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
101      <void method="setRect">
102       <double>450.0</double>
103       <double>380.0</double>
104       <double>140.0</double>
105       <double>100.0</double>
106      </void>
107     </object>
108    </void>
109    <void property="methods">
110     <void property="text">
111      <string>getDbname():String
112getAccession():String
113getVersion():int</string>
114     </void>
115    </void>
116    <void property="name">
117     <void property="text">
118      <string>«interface»
119CrossRef</string>
120     </void>
121    </void>
122   </object>
123   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
124    <void method="setLocation">
125     <double>450.0</double>
126     <double>380.0</double>
127    </void>
128   </object>
129  </void>
130  <void method="addNode">
131   <object id="InterfaceNode3" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
132    <void property="bounds">
133     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
134      <void method="setRect">
135       <double>720.0</double>
136       <double>360.0</double>
137       <double>160.0</double>
138       <double>140.0</double>
139      </void>
140     </object>
141    </void>
142    <void property="methods">
143     <void property="text">
144      <string>getLocation():String
145getTitle():String
146getCRC():String
147getRemark():String
148setRemark(String remark)</string>
149     </void>
150    </void>
151    <void property="name">
152     <void property="text">
153      <string>«interface»
154DocRef</string>
155     </void>
156    </void>
157   </object>
158   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
159    <void method="setLocation">
160     <double>720.0</double>
161     <double>360.0</double>
162    </void>
163   </object>
164  </void>
165  <void method="addNode">
166   <object id="InterfaceNode4" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
167    <void property="bounds">
168     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
169      <void method="setRect">
170       <double>980.0</double>
171       <double>370.0</double>
172       <double>160.0</double>
173       <double>120.0</double>
174      </void>
175     </object>
176    </void>
177    <void property="methods">
178     <void property="text">
179      <string>getName():String
180getExtendedName():String
181isEditor():boolean
182isConsortium():boolean</string>
183     </void>
184    </void>
185    <void property="name">
186     <void property="text">
187      <string>«interface»
188DocRefAuthor</string>
189     </void>
190    </void>
191   </object>
192   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
193    <void method="setLocation">
194     <double>980.0</double>
195     <double>370.0</double>
196    </void>
197   </object>
198  </void>
199  <void method="addNode">
200   <object class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
201    <void property="bounds">
202     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
203      <void method="setRect">
204       <double>440.0</double>
205       <double>570.0</double>
206       <double>200.0</double>
207       <double>220.0</double>
208      </void>
209     </object>
210    </void>
211    <void property="methods">
212     <void property="text">
213      <string>getName():String
214setName(String name)
215getAuthority():String
216setAuthority(String authority)
217getDescription():String
218setDescription(String description)
219getAcronym():String
220setAcronym(String acronym)
221getURI():java.net.URI
222setURI(java.net.URI uri)</string>
223     </void>
224    </void>
225    <void property="name">
226     <void property="text">
227      <string>«interface»
228Namespace</string>
229     </void>
230    </void>
231   </object>
232   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
233    <void method="setLocation">
234     <double>440.0</double>
235     <double>570.0</double>
236    </void>
237   </object>
238  </void>
239  <void method="addNode">
240   <object id="InterfaceNode5" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
241    <void property="bounds">
242     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
243      <void method="setRect">
244       <double>460.0</double>
245       <double>40.0</double>
246       <double>120.0</double>
247       <double>100.0</double>
248      </void>
249     </object>
250    </void>
251    <void property="methods">
252     <void property="text">
253      <string>getRank():int
254setRank(int rank)
255</string>
256     </void>
257    </void>
258    <void property="name">
259     <void property="text">
260      <string>«interface»
261RankedCrossRef</string>
262     </void>
263    </void>
264   </object>
265   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
266    <void method="setLocation">
267     <double>460.0</double>
268     <double>40.0</double>
269    </void>
270   </object>
271  </void>
272  <void method="addNode">
273   <object id="InterfaceNode6" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
274    <void property="bounds">
275     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
276      <void method="setRect">
277       <double>650.0</double>
278       <double>40.0</double>
279       <double>320.0</double>
280       <double>160.0</double>
281      </void>
282     </object>
283    </void>
284    <void property="methods">
285     <void property="text">
286      <string>getRank():int
287setRank(int rank)
288getStart():int
289getEnd():int
290getLocation():org.biojavax.bio.seq.RichLocation
291setLocation(org.biojavax.bio.seq.RichLocation location)</string>
292     </void>
293    </void>
294    <void property="name">
295     <void property="text">
296      <string>«interface»
297RankedDocRef</string>
298     </void>
299    </void>
300   </object>
301   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
302    <void method="setLocation">
303     <double>650.0</double>
304     <double>40.0</double>
305    </void>
306   </object>
307  </void>
308  <void method="addNode">
309   <object id="NoteNode0" class="com.horstmann.violet.NoteNode">
310    <void property="bounds">
311     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
312      <void method="setRect">
313       <double>190.0</double>
314       <double>180.0</double>
315       <double>240.0</double>
316       <double>60.0</double>
317      </void>
318     </object>
319    </void>
320    <void property="bounds">
321     <void method="setRect">
322      <double>190.0</double>
323      <double>180.0</double>
324      <double>240.0</double>
325      <double>60.0</double>
326     </void>
327    </void>
328    <void property="text">
329     <void property="text">
330      <string>Fully featured &quot;Note&quot;
331collection management
332implied (get, set, contains, remove, etc.)</string>
333     </void>
334    </void>
335   </object>
336   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
337    <void method="setLocation">
338     <double>190.0</double>
339     <double>180.0</double>
340    </void>
341   </object>
342  </void>
343  <void method="addNode">
344   <object class="com.horstmann.violet.PackageNode">
345    <void property="bounds">
346     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
347      <void method="setRect">
348       <double>920.0</double>
349       <double>690.0</double>
350       <double>100.0</double>
351       <double>80.0</double>
352      </void>
353     </object>
354    </void>
355    <void property="bounds">
356     <void method="setRect">
357      <double>920.0</double>
358      <double>690.0</double>
359      <double>100.0</double>
360      <double>80.0</double>
361     </void>
362    </void>
363    <void property="contents">
364     <void property="text">
365      <string>org.biojavax
366</string>
367     </void>
368    </void>
369   </object>
370   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
371    <void method="setLocation">
372     <double>920.0</double>
373     <double>690.0</double>
374    </void>
375   </object>
376  </void>
377  <void method="addNode">
378   <object id="InterfaceNode7" class="com.horstmann.violet.InterfaceNode">
379    <void property="bounds">
380     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
381      <void method="setRect">
382       <double>290.0</double>
383       <double>50.0</double>
384       <double>100.0</double>
385       <double>60.0</double>
386      </void>
387     </object>
388    </void>
389    <void property="name">
390     <void property="text">
391      <string>«interface»
392ontology.Term</string>
393     </void>
394    </void>
395   </object>
396   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
397    <void method="setLocation">
398     <double>290.0</double>
399     <double>50.0</double>
400    </void>
401   </object>
402  </void>
403  <void method="addNode">
404   <object id="PointNode0" class="com.horstmann.violet.PointNode">
405    <void property="bounds">
406     <object class="java.awt.geom.Rectangle2D$Double">
407      <void method="setRect">
408       <double>115.0</double>
409       <double>265.0</double>
410       <double>0.0</double>
411       <double>0.0</double>
412      </void>
413     </object>
414    </void>
415    <void property="bounds">
416     <void method="setRect">
417      <double>115.0</double>
418      <double>265.0</double>
419      <double>0.0</double>
420      <double>0.0</double>
421     </void>
422    </void>
423   </object>
424   <object class="java.awt.geom.Point2D$Double">
425    <void method="setLocation">
426     <double>115.0</double>
427     <double>265.0</double>
428    </void>
429   </object>
430  </void>
431  <void method="connect">
432   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
433    <void property="bentStyle">
434     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HVH"/>
435    </void>
436    <void property="endArrowHead">
437     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
438    </void>
439    <void property="endLabel">
440     <string>crossref</string>
441    </void>
442   </object>
443   <object idref="InterfaceNode3"/>
444   <object idref="InterfaceNode2"/>
445  </void>
446  <void method="connect">
447   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
448    <void property="bentStyle">
449     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HVH"/>
450    </void>
451    <void property="endArrowHead">
452     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
453    </void>
454    <void property="endLabel">
455     <string>author*</string>
456    </void>
457   </object>
458   <object idref="InterfaceNode3"/>
459   <object idref="InterfaceNode4"/>
460  </void>
461  <void method="connect">
462   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
463    <void property="bentStyle">
464     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HVH"/>
465    </void>
466    <void property="endArrowHead">
467     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
468    </void>
469    <void property="endLabel">
470     <string>crossRef</string>
471    </void>
472   </object>
473   <object idref="InterfaceNode5"/>
474   <object idref="InterfaceNode2"/>
475  </void>
476  <void method="connect">
477   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
478    <void property="bentStyle">
479     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HVH"/>
480    </void>
481    <void property="endArrowHead">
482     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
483    </void>
484    <void property="endLabel">
485     <string>docRef</string>
486    </void>
487   </object>
488   <object idref="InterfaceNode6"/>
489   <object idref="InterfaceNode3"/>
490  </void>
491  <void method="connect">
492   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
493    <void property="bentStyle">
494     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HVH"/>
495    </void>
496    <void property="endArrowHead">
497     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
498    </void>
499    <void property="endLabel">
500     <string>note *</string>
501    </void>
502   </object>
503   <object idref="InterfaceNode0"/>
504   <object idref="InterfaceNode1"/>
505  </void>
506  <void method="connect">
507   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
508    <void property="bentStyle">
509     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HVH"/>
510    </void>
511    <void property="endArrowHead">
512     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
513    </void>
514    <void property="endLabel">
515     <string>term</string>
516    </void>
517   </object>
518   <object idref="InterfaceNode1"/>
519   <object idref="InterfaceNode7"/>
520  </void>
521  <void method="connect">
522   <object class="com.horstmann.violet.ClassRelationshipEdge">
523    <void property="bentStyle">
524     <object class="com.horstmann.violet.BentStyle" field="HV"/>
525    </void>
526    <void property="endArrowHead">
527     <object class="com.horstmann.violet.ArrowHead" field="V"/>
528    </void>
529    <void property="endLabel">
530     <string>annotation</string>
531    </void>
532   </object>
533   <object idref="InterfaceNode2"/>
534   <object idref="InterfaceNode0"/>
535  </void>
536  <void method="connect">
537   <object class="com.horstmann.violet.NoteEdge"/>
538   <object idref="NoteNode0"/>
539   <object idref="PointNode0"/>
540  </void>
541 </object>
542</java>